De acuerdo con la Directiva 91/676/CEE, de 12 de Diciembre de 1991, y su transposición al Estado español mediante el Real Decreto 261/1996, de 16 de Febrero, se procedió, en Acuerdo de Consejo de Gobierno de fecha 22/12/98, a la aprobación del Decreto 390/1998 de Declaración de Zonas Vulnerables a la contaminación de las Aguas por los nitratos procedentes de la actividad agraria. En él se dictan normas para la declaración de Zonas Vulnerables a la contaminación de las aguas por los nitratos procedentes de la actividad agraria y se aprueba el Código de Buenas Prácticas Agrarias de la Comunidad Autónoma del País Vasco. A la vez, se declara Zona Vulnerable el Sector Oriental de la masa de agua subterránea Vitoria. Con posterioridad, en 2000 se publicó el Plan de Actuación sobre Zonas Vulnerables a la contaminación por nitratos (Orden de 18 de diciembre de 2000).