Eskualde eurosiberiarra eta mediterranearraren artean dagoen EAEren kokapen biogeografikoagatik, itsasertzetik Errioxara arteko klima-gradienteagatik eta 1.000 m baino gehiagoko altuera-aldeengatik, flora eta faunan aberastasun handia dago: 3.000 landare-espezie baino gehiago eta ia 400 ornodun.
Faunaren kasuan, interesgune ugari daude, eta, oro har, pertsonek gutxi okupatuta dauden eta baso-sail handiak dituzten mendiguneak dira. Errekak eta errekastoak intereseko guneak dira faunarentzat, batik bat mehatxatutako espezieak daudelako (arrainak, urlehortarrak, ur-ipurtatsa, muturluze piriniarra, etab.). Logikoki, lurrazaleko urei loturiko ekosistemetan, hezeguneak interes handiko guneak dira, hegazti migratzaileen negu-tokiak eta ugaltokiak direlako: horien artean, nabarmentzekoak hauek dira: Kantauri itsasoaren aldean, Txingudiko padurak Gipuzkoan eta Urdaibaiko Biosfera Erreserba Bizkaian; eta barnealdean, Zadorrako urtegi-sistema, Salburua eta Guardiako aintziren lerroak.
Erkidegoaren mailan garrantzia duten mehatxatutako hainbat espezieren populazioak daude EAEn. Ur-ipurtatsa (Mustela lutreola), kontinentean mehatxatuenetakoa den ugaztuna da, eta azken populazioetako batzuk Oka, Lea, Artibai eta Deba ibaietan daude. Izokina (Salmo salar), berriz, lehen izan zuen banaketa-eremua berreskuratzen ari da, hainbat administrazio izokinaren egoera leheneratzeko egiten ari diren lanei esker. Muturluze piriniarrak (Galemys pyrenaicus) ere biziraun du, ale gutxiko kopuruetan izan arren, ekialderen dauden arroetan.