Según lo dispuesto en el artículo 8 y el anexo V de la Directiva Marco del Agua (2000/60/CE), antes del 22 de diciembre de 2006 deben establecerse programas de seguimiento del estado de las masas de agua.

Según el Decreto 240/2007, de 18 de diciembre, por el que se aprueban los Estatutos de la Agencia Vasca del Agua, dentro de las actividades encomendadas a la Dirección de Relaciones Institucionales e Innovación se encuentra el análisis, control y seguimiento de los objetivos y programas de calidad y cantidad de las aguas.

Los objetivos de los programas de seguimiento del estado son:

• Obtener una visión general coherente y completa del estado de las masas de agua de la Demarcación.
• Determinar el grado de cumplimiento de los objetivos medioambientales.
• Determinar el grado de eficiencia de los programas de medidas del Plan Hidrológico

En la Comunidad Autónoma del País Vasco se han establecido una serie de programas para:

• Seguimiento del estado de las masas de agua superficiales
• Seguimiento del estado de las masas de agua subterráneas
• Seguimiento del estado de las zonas protegidas
• Control hidrometeorológico

Por otro lado, en el ámbito de la Comunidad Autónoma del País Vasco existen otras redes  de seguimiento del estado de las masas de agua gestionadas por otros organismos o administraciones.