Consejo de Administración (Regulado en el Decreto 221/2007, de 4 de diciembre de 2007)
Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente,Planificación Territorial, Agricultura y Pesca

Dirección General

• Iñaki Urrizalqui Oroz Desde el 3 de julio de 2009 hasta la actualidad. (DECRETO 423/2009, Dde 30 de junio)

Direcciones de Área

• Dirección de Innovación y Relaciones institucionales: Enrique Urrutia López de Viñaspre
• Dirección de Administración y Servicios: María Lopez de Heredia San Julián
• Dirección de Planificación y Obras: José María Sanz de Galdeano Equiza
• Dirección de Gestión de Dominio Público: Josu Perea Arandia

Oficinas de cuenca

• Oficina de las Cuencas Mediterráneas: María José García Andrés
• Oficina de las Cuencas Cantábricas Occidentales: José Luis Landa Artetxe
• Oficina de las Cuencas Cantábricas Orientales: Juan Pedro Risco Romero

ESTRUCTURAS DE PARTICIPACIÓN Y ASESORAMIENTO

Consejo del Agua del País Vasco (Regulado en el Decreto 222/2007, de 4 de diciembre de 2007)
Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca

Asamblea de Usuarios (Regulado en el Decreto 220/2007, de 4 de diciembre de 2007)
Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca

ESTRUCTURA DE COORDINACIÓN

Comité de Dirección