La Agencia Vasca del Agua se organiza en diferentes estructuras de gobierno, dirección, gestión, coordinación, participación y asesoramiento:
Organigrama
| ESTRUCTURAS DE GOBIERNO Y DIRECCIÓN: |
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Consejo de Administración (Regulado en el Decreto 221/2007, de 4 de diciembre de 2007) Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente,Planificación Territorial, Agricultura y Pesca
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| ESTRUCTURAS DE GESTIÓN: |
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Dirección General
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- Iñaki Urrizalqui Oroz Desde el 3 de julio de 2009 hasta la actualidad. (DECRETO 423/2009, Dde 30 de junio)
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Direcciones de Área
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- Dirección de Innovación y Relaciones institucionales: Enrique Urrutia López de Viñaspre
- Dirección de Administración y Servicios: María Lopez de Heredia San Julián
- Dirección de Planificación y Obras: José María Sanz de Galdeano Equiza
- Dirección de Gestión de Dominio Público: Josu Perea Arandia
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Oficinas de cuenca
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- Oficina de las Cuencas Mediterráneas: María José García Andrés
- Oficina de las Cuencas Cantábricas Occidentales: José Luis Landa Artetxe
- Oficina de las Cuencas Cantábricas Orientales: Juan Pedro Risco Romero
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ESTRUCTURAS DE PARTICIPACIÓN Y ASESORAMIENTO
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Consejo del Agua del País Vasco (Regulado en el Decreto 222/2007, de 4 de diciembre de 2007) Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca
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Asamblea de Usuarios (Regulado en el Decreto 220/2007, de 4 de diciembre de 2007) Presidenta: María del Pilar Unzalu Pérez de Eulate. Consejera de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca
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ESTRUCTURA DE COORDINACIÓN
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Comité de Dirección
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Esquema:

| Anteriores directores generales |
Tomás Epalza Solano
Desde el 1 de Enero de 2008 hasta el 3 de Julio de 2009
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