La Agencia ejerce las funciones indicadas en el artículo 7 de la Ley 1/2006, es decir:

1. La elaboración y remisión al Gobierno, para la aprobación, modificación o tramitación ante las autoridades competentes, de los instrumentos de planificación hidrológica previstos en esta ley.
2. La participación en la planificación hidrológica estatal de las cuencas intercomunitarias, de acuerdo con su normativa reguladora.
3. Intervenciones para la protección del dominio público hidráulico, en especial el otorgamiento de las concesiones y autorizaciones administrativas, así como la vigilancia e inspección y sanción de las infracciones contrarias a la normativa reguladora del dominio público hidráulico.
4. La elaboración y remisión a las autoridades competentes de la Comunidad Autónoma del País Vasco de los proyectos de disposiciones generales en materias propias de sus áreas de actuación.
5. Las competencias transferidas, delegadas o encomendadas por la Administración estatal.
6. Las obras hidráulicas de interés general.
7. La organización y funcionamiento del Registro General de Aguas.
8. La organización y funcionamiento del Registro de Zonas Protegidas.
9. El estudio e informe sobre la aplicación de cánones o tributos de conformidad con la normativa en vigor.
10. La gestión, liquidación, recaudación e inspección de los tributos establecidos en la legislación vigente en materia de aguas.
11. Informar con carácter vinculante los planes generales, normas subsidiarias, planes parciales y planes especiales después de su aprobación inicial. Este informe versará en exclusiva sobre la relación entre el planeamiento municipal y la protección y utilización del dominio público hidráulico, y sin perjuicio de lo que dispongan otras leyes aplicables por razones sectoriales o medioambientales. Se entenderá positivo si no se emite y notifica en el plazo dos meses.
12. Informar con carácter vinculante los planes generales, normas subsidiarias, planes parciales y planes especiales antes de su aprobación inicial. Este informe versará en exclusiva sobre la relación entre las obras de interés general de la Comunidad Autónoma del País Vasco y el planeamiento municipal, y sin perjuicio de lo que dispongan otras leyes aplicables por razones sectoriales o medioambientales. Se entenderá positivo si no se emite y notifica en el plazo dos meses.
13. La propuesta al Gobierno del establecimiento de limitaciones de uso en las zonas inundables que se estimen necesarias para garantizar la seguridad de las personas y los bienes.
14. La autorización de los vertidos tierra-mar.
15. La autorización en zonas de servidumbre marítimo-terrestre, así como su vigilancia, inspección y sanción.
16. La concesión de subvenciones relacionadas con materias de su competencia.
17. Cuantas otras le sean atribuidas por las leyes y reglamentos, en especial en relación con la política de abastecimiento, saneamiento y riego, así como con el control sobre los órganos de gestión y comunidades de usuarias y usuarios, y otras que le resulten adscritas.
18. Garantizar, en coordinación con las administraciones con competencias en la materia, la protección y conservación del dominio público hidráulico.