La posición biogeográfica de las CAPV, entre las regiones Eurosiberiana y Mediterránea, el gradiente climático desde la costa hasta la Rioja y las diferencias altitudinales de más de 1.000 m, se traducen en una gran riqueza florística y faunística de más de 3.000 especies de plantas y casi 400 de vertebrados.
En cuanto a la fauna, existen numerosas áreas de interés, coincidentes en general con zonas montañosas de escasa ocupación humana e importante presencia de masas forestales. Los ríos y arroyos son espacios de interés para la fauna, principalmente por la presencia de especies amenazadas (peces, anfibios, visón europeo, desmán del Pirineo, etc.). Lógicamente, dentro de los ecosistemas asociados a las aguas superficiales, las zonas húmedas son espacios de gran interés como lugares de invernada y cría de aves migratorias: entre ellos, cabe destacar a las marismas de Txingudi (Gipuzkoa) y la Reserva de la Biosfera de Urdaibai (Bizkaia) en el cantábrico; y las colas del Sistema de Embalses del Zadorra, Salburua y las lagunas de Laguardia en el interior.
La CAPV alberga poblaciones de varias especies amenazadas de importancia a nivel comunitario. El visón europeo (Mustela lutreola), uno de los mamíferos más amenazados del continente, mantiene varias de sus últimas poblaciones en los ríos Oka, Lea, Artibai y Deba. El salmón (Salmo salar), por su parte, va recobrando su antigua área de distribución merced a los trabajos que diferentes administraciones están realizando para favorecer su recuperación. También el desmán del Pirineo (Galemys pyrenaicus) sobrevive, aunque con reducidos números de ejemplares, en las cuencas más orientales.
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